Die Sammlung des Museums für Islamische Kunst umfasst Werke der Kunst, Kultur und Archäologie muslimisch geprägter Gesellschaften vom 7. bis 19. Jahrhundert. Seine Exponate stammen aus einem Gebiet, das vom Mittelmeerraum (Südeuropa, Nordafrika, Westasien) bis nach Zentral- und Südasien reicht.

Damit schließen die Ausstellungen des Museums geografisch und kulturgeschichtlich direkt an jene der Antikensammlung und des Vorderasiatischen Museums an, die gleichfalls im Pergamonmuseum gezeigt werden. So können die Besucher einen umfassenden Einblick in die Kunst- und Kulturgeschichte jener Jahrhunderte und Regionen gewinnen.

Der Rundgang im Museum für Islamische Kunst folgt der Chronologie nach Dynastien verschiedener Epochen und geographischer Gebiete. Die Frühzeit mit den Großreichen der ersten Kalifen (7. bis 10. Jahrhundert) steht noch in der Tradition vorislamischer Kulturen der Antike und Irans. Eindrucksvoller Beleg hierfür ist der Reliefdekor auf der monumentalen Fassade des Wüstenschlosses von Mschatta. Die frühen Kalifenreiche sind durch Handelsbeziehungen mit der damals bekannten Welt verbunden. Die reiche Ausstattung der Paläste und Wohnhäuser in einer Metropole wie Samarra im heutigen Irak lässt dies lebendig werden. In der Kalifenresidenz gehörten chinesisches Porzellan, Teak-Holz aus Südasien und Marmor aus dem Mittelmeerraum selbstverständlich zum gehobenen Lebensstil.

Überregional vernetzte Städte mit einer wohlhabenden Bevölkerung aus Händlern und Handwerkern prägen die Mittlere Zeit (11. bis 15. Jahrhundert). Feine Keramik oder mit Gold und Silber eingelegte Metallgefäße werden nun auch für die städtischen Eliten erschwinglich, ihre Herstellung erlebt einen Aufschwung. Die Blüte des Handwerks bringt Meisterwerke hervor wie die mit schillerndem Lüsterdekor bemalte Gebetsnische aus dem iranischen Kaschan , die aus zahllosen Keramikmosaikstücken zusammengesetzte Gebetsnische aus dem türkischen Konya oder die detailreich geschnitzte Turmkuppel eines Palastpavillons der Alhambra in Granada.

Die berühmte Berliner Teppichsammlung mit ihrer wechselvollen Geschichte gehört zum großen Teil der frühen Neuzeit (16. bis 18. Jahrhundert) an. In jener Periode entstand auch das Aleppo-Zimmer mit seiner prachtvoll bemalten Wandtäfelung. Die figürlichen Dekore und Inschriften sind lebhaftes Zeugnis der multikulturellen und multireligiösen Stadtgesellschaften im Syrien des frühen 17. Jahrhunderts.

Das Museum beherbergt eine der umfangreichsten Spezialbibliotheken zu islamischer Kunst, Archäologie und materieller Kultur, die als Präsenzbibliothek zugänglich ist. Es kooperiert als Forschungseinrichtung international mit Universitäten und Museen besonders jener Regionen, in denen seine Objekte entstanden sind.

Bei all seinen Unternehmungen sieht sich das Museum für Islamische Kunst in dem öffentlichen Islam-Diskurs als Vermittler einer Kultur auf höchstem Niveau. In seinen Ausstellungen kann die Geschichte anderer Kulturen entdeckt werden und so dabei helfen, die Gegenwart zu verstehen. Hieraus bezieht die Sammlung als kultureller Speicher muslimischer Gesellschaften ihre innen- wie außenpolitische Aktualität.